Die der hl. Äbtissin Walburga von Eichstätt geweihte Kirche diente ursprünglich dem hier vom 11. bis 13. Jh. angesiedelten Benediktinerkonvent. Später wurde sie dann Spitalkirche und ab 1481 war sie denn Pfarrkirche für das Kloster.
Nach der Säkularisation ging die Kirche in den Besitz der neuen Eigentümer über und diente dadurch der russischen Adelsfamilie von Leuchtenberg als Begräbnisstätte mit dem charakteristischen russisch-orthodoxen Ritus. Die an der Friedhofsmauer angebrachte Grabplatte mit der Aufschrift "Anastasia" weist auf die beigesetzte Urne der sehr umstrittenen, angeblichen Tochter des letzten Zaren hin.
Die Kirche befindet sich seit 1969 im Besitz der Gemeinde Seeon-Seebruck. Bereits 1983 wurden erste Außen-Renovierungen vorgenommen und ab 2003 konnte mit der Restaurierung der Raumfassung begonnen werden. Durch die Restaurierung konnte eine Wiederherstellung des Raumeindruckes des späten 16. Jh. erreicht werden.