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Die heutige Klosterkirche entstand aus einer Pestkapelle von 1636; 1889/90 erfolgte ein Neubau im neoromanischen Stil durch Max Lutz.
Ehemals Pestkapelle des frühen 17. Jahrhunderts, heute schöne Barockkirche im Stadtkern nahe der Loretowiese. Im Jahre 1853 beschloss der Rosenheimer Magistrat die Wiedererrichtung des Kapuzinerklosters und die Wahl fiel auf den Grund rund um die Kapelle St. Sebastian. Die Säkularisation im Jahre 1803 wurde auch diesem Kapuzinerkloster zum Verhängnis und die meisten Gebäude wurden abgerissen. 1855/1856 wurde ein Langhaus an die Pestkapelle dazu gebaut. Die Erweiterung war aber bald unzureichend und der Rosenheimer Baumeister Max Lutz entwickelte einen Kirchenneubau im Stil der Neoromanik als Saalbau. Einzig der Mauerkern im Betchor und der Patronatsheilige St. Sebastian sind noch heutige Reliquien der Pestkapelle. Die letzte Renovierung fand in den Jahren 1997 und 1998 unter Aufsicht des Münchner Architekten Christian Kronenbitter statt.